Orateurs invités
Cette année, nous accueillons 2 orateurs invités :
- Hélène Touzet du laboratoire CRIStAL à Lille
- Julien Leroy de l’Université de Liège
Titres et résumés :
- Hélène Touzet : Recherche de motifs approchés pour l’analyse de longues lectures de séquençage
L’algorithmique du texte et l’analyse bioinformatique de séquences biologiques connaissent depuis plusieurs décennies un développement joint mutuellement enrichissant.
Dans cet exposé, nous parlerons en paticulier de la recherche de motifs approchés, et comment ce type de motifs peut aider au
traitement de lectures de séquençage bruitées, telles que les longues lectures Nanopore. Les erreurs autorisées par les motifs approchés sont de type insertion, suppression et substitution d’un caractère. Leur description fait appel à des automates, déterministes ou non-déterministes, comme les automates de Levenshtein. Une approche alternative repose sur des découpages sans perte des motifs. Nous décrirons ces différentes méthodes ainsi que les mises en oeuvre efficaces possibles. - Julien Leroy : Graphes de Rauzy et complexité linéaire.
Les graphes de de Bruijn (ou de Rauzy) sont un outil puissant dans l’étude de la combinatoire des mots infinis (ou des systèmes dynamiques symboliques). Ceux-ci fournissent par exemple une suite décroissante de langages réguliers approximant l’ensemble des facteurs d’un mot infini.
Dans cet exposé, nous détaillerons certains concepts qu’ils permettent d’appréhender: mots de retour, sous-groupes du groupe libre, fréquence d’apparition des mots finis, complexité factorielle, représentations adiques,… Nous traiterons en particulier le cas des mots de complexité factorielle linéaire et le cas des mots dendriques.
Programme détaillé
Début des journées : lundi 16 décembre, accueil à 10h, premier exposé à 10h30.
Fin des journées : mardi 17 décembre, vers 16h-16h30.
Liste des exposés acceptés :
- Survey of k-mer set of sets data structures for querying large collections of sequencing datasets
- Camille Marchet, Mikaël Salson and Rayan Chikhi
- Impact of the dataset parameters on the quality of long read error correction
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre
- UMI-VarCal: a UMI-based variant caller for low-frequency variant detection
- Vincent Sater, Pierre-Julien Viailly, Thierry Lecroq, Philippe Ruminy, Elise Prieur-Gaston, Mathieu Viennot and Fabrice Jardin
- Million sequences indexing
- Antoine Limasset
- Recurrence of substitutive Sturmian words
- Pablo Rotondo
- Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
- Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Jean-Stéphane Varré and Samuel Blanquart
- Construction of individual recombination maps using linked-read sequencing data
- Andreea Dréau, Vrinda Venu, Elena Avidevich, Ludmila Gaspar and Felicity Jones
- Forbidden substrings and the connectivity of the Hamming graph of RNA sequences: partial disconnectivity tests
- Maher Mallem, Alain Denise and Yann Ponty
- Refined upper bounds for the number of designable RNA structures
- Hua-Ting Yao, Cedric Chauve, Mireille Regnier and Yann Ponty
- Efficient single and multiple Cartesian tree matching
- Geonmo Gu, Siwoo Song, Cheol Ryu, Simone Faro, Thierry Lecroq and Kunsoo Park
- A graph-theoretic formulation of the linked-reads barcode separation problem
- Yoann Dufresne, Cedric Chauve and Rayan Chikhi
- Longest tandem scattered sub-sequences
- Tatiana Rocher and Luís M. S. Russo
- MinYS: Mine Your Symbiont by targeted genome assembly in symbiotic communities
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon and Claire Lemaitre
- uANI: whole genome comparison and phylogeny reconstruction using sketching
- Yoshihiro Shibuya and Gregory Kucherov
- SVJedi: Structural variations genotyping with long reads
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier and Claire Lemaitre
- Identification and quantification of strains in a metagenomic sample using variation graphs
- Kévin Da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida and Pierre Peterlongo