A vous de décoder le génome du SARS-CoV-2

Un des premiers génomes du SARS-CoV-2 a été publié en février 2020 dans la revue Nature. Il a été isolé chez un homme de 41 ans travaillant sur le marché de Wuhan et qui a été admis le 26 décembre 2019 à l'Hôpital Central de Wuhan pour des problèmes respiratoires aigus. Le génome du virus infectant ce patient a été obtenu par séquençage à partir d’un prélèvement de fluides pulmonaires. Il est maintenant considéré comme le génome de référence.

Nous vous proposons une visite guidée d’Internet pour vous mettre dans la peau d’un bioinformaticien (ou d’une bioinformaticienne) et découvrir le B-A BA de l’analyse de séquences. Votre mission : identifier au sein de ce génome de SARS-CoV-2 la séquence du gène codant pour la protéine S, en faire son analyse et observer son évolution avec les variants Delta et Omicron.

La protéine S, abréviation pour spicule ou spike en anglais, est particulièrement intéressante, car c’est elle précisément qui permet au virus de pénétrer les cellules humaines. Elle est ainsi l’une des cibles du système immunitaire en cas d’infection, et est utilisée dans les vaccins actuels pour stimuler la production d’anticorps. Tout ce que vous savez pour commencer : cette protéine comprend entre 1000 et 1400 acides aminés. Vous ne savez plus ce qu'est un acide aminé ? Pas grave, nous vous l'expliquons dans la suite.

Laissez-vous guider en suivant les Instructions. Pour certaines étapes, si vous n'y arrivez pas, nous avons pré-calculé les solutions qui sont accessibles avec les Raccourcis.